個人事業主が転職で会社員になる際の確定申告と年末調整について

　ご主人様は、今年の6月までは事業所得者でしたので事業所得と給与所得の確定申告が必要になります。
　また、ご主人様は就職前までは給与の支給がありませんでしたので、7月からの給与にて年末調整の対象となります。
　なお、専従者給与も86万円ではなく、6月までの実際の支給額によりますので、おおよそ半額まで支払われたのでしょうか。

　奥様は、「専従者給与」の支給があった場合は配偶者控除の対象とはなりません。そこで、「扶養控除等申告書」のA欄の「源泉控除対象配偶者」欄への奥様のお名前等の記載はしないこととなります。
　※　裏面の「３」の「③」源泉控除対象配偶者の説明欄に「白色専従者は除きます」の説明文が記載されています。

白色申告の専従者控除は、その年の事業所得の決算数値が出てから決めることもできます。つまり、利益が出た場合には専従者控除を活用し、そうでない場合には配偶者控除を利用するという考えです。
今年の半年間(6ヶ月間)のご主人の事業所得の状況はいかがだったのでしょうか。専従者控除と配偶者控除はどちらかしか使えませんので、その状況に応じて有利な方を選択されると良いと思います。

返信ありがとうございました。

再度質問お願い致します。

例えば 「源泉控除対象配偶者」の欄に記入しないで、主人の名前と子供達(１６歳以下三人)だけの部分を記入をして会社には提出しておいて、自身が行う確定申告の際に、私がどちらか有利な方の控除を記入するのでも間に合いますか？


「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」の用紙に私の名前を記入しないからといって、会社が手続きをしてくださる社会保険を受けられないというわけではないですよね？

うまく伝わってなかったら申し訳ありません。。

　「自身が行う確定申告」とは、ご主人様の確定申告のことでしょうか。
　専従者給与に関しては、自己否認ができないことになります。
　専従者給与を支払っている。　⇒　専従者控除の対象となる。　
　という考え方ですので、これ以上のコメントは差し控えさせていただきます。

　扶養控除等申告書に
　奥様の名前を記入しない　＝　社会保険の扶養から直ちに外れる
　とはなりません。
　社会保険料の扶養に関しては、別途奥様の収入等の記載をすることになりますが、会社の担当者の方が疑問に思われたときにはその旨を説明されたらよろしいかと思います。

　一言コメントを追加します。
　白色専従者の場合は申告により控除を受ける判断ができます。
　確定申告の際に、専従者控除の記載をしない場合は配偶者控除の対象となりえます。
　

ご主人は白色申告の事業所得者とのことですので、ご主人の確定申告の際に専従者控除額を記載して申告すれば控除することが可能です。
専従者控除額として記載しない（事業専従者控除を選択しない）場合には、配偶者控除を適用することができます。
会社へ提出する扶養控除等申告書には「源泉控除対象配偶者」に記載せず、ご主人の確定申告のときに事業専従者控除とするか配偶者控除とするかを検討しても問題はありません。

なお、専従者控除の要件の一つに、「その年を通じて6月を超える期間、その白色申告者の営む事業に専ら従事していること」があります。
ご質問の文面ではご主人は7月から会社員になられるとのことですが、奥様が6ヶ月を超える期間、ご主人の事業に従事していない場合にはそもそも事業専従者に該当しないことになりますので、その点もご留意ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2075.htm