赤字で確定申告をする場合

相談者様（夫）が、実際に個人事業者として収入があるのであれば、今から確定申告をすることは問題ありません。
奥様が相談者様を扶養親族に含めるために収入ゼロとされたのかもしれませんが、実際に収入があり、所得は赤字であるのであれば、実際の収入と所得で確定申告をすべきだと思います。

給付金が課税対象となる場合（詳細は今後公表されます）、相談者様の給付金の受領が、奥様の本年分（2020年分）の確定申告に影響することになります。相談者様の他の収入や経費を計算した結果、奥様の扶養親族に含めることができない可能性はあります。

ご解答ありがとうございます。
収入と所得の違いと言うことですね。
とても勉強になりました。
さらに調べて見たのですが、過少申告加算税や重加算税がかかる可能性があると言う事でしょうか？

相談者様や奥様が確定申告（修正申告）をすることによって、納税額が発生しなければ過少申告加算税や重加算税はかかりません。

ありがとうございます。
早速修正申告をしようと思います。
とても助かりました。