バイト掛け持ちで両方甲欄になっている

本来であればAは甲欄の取り下げをする必要があります。A社に相談された方が良いと思います。

ご回答ありがとうございます。そうですよね。取り下げというのは、乙欄に変更ということで間違いないでしょうか？
ちなみに、変更しないで二重に提出するとどうなるのでしょうか？

ご理解の通り乙蘭(月88,000円未満は3.063%の所得税)に変更することになります。A社は所得税の徴収をどうするか検討することになると思います。

出澤様
ご返答ありがとうございます。A社について、乙欄だと本来所得税が源泉徴収されますが、103万円以内なら所得税はかからないため、年末調整で戻ってきますよね。しかし私は元々甲欄で申請していたため、元々所得税は源泉徴収されていないことになっています。どっちみち103万円以内なので所得税はかからず、結果的には税金の額は変わらないけれど、二重に提出することは法的には認められていないため、取り下げを行った方が良いという認識で間違いないでしょうか…？
今確定申告のことを勉強中で、理解が拙く申し訳ありません。ご指摘があればご教授頂きたく存じます。

あわせて103万円以下であれば所得税は非課税です。税金には影響はないですが、取り下げはしておくのが良いと思います。