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3000万控除と住宅ローン控除の修正申告について

居住しているマンションを売却したことにより500万円程度の益が出る見込みのため、3000万控除を利用しようと思っています。
そこで自分なりにいろいろ調べてみたところ、住宅ローン控除を受けている自宅を売却して3000万控除を受ける場合は、税金等は発生せず修正申告は必要ないと理解しました。
上記をふまえて税務署に確認してみたところ、
令和6年2月に確定申告する際、3000万控除の申請とあわせて住宅ローン控除を受けた過去2年分の修正申告が必要と言われました。
私の説明が悪かったのかもしれませんが、結局なぜ修正申告が必要なのか理解できず、困惑しています。
仮に修正申告が必要な場合、過去2年分(今年はそもそも売却後でローン控除は受けられないので令和2年と3年分?)の住宅ローン控除による還付分は返金(納付?)しなければならないのでしょうか?
※当方は給与所得者で、通常は年末調整のみです。

簡単な時系列です。
2020年   マンション入居
2021年2月 住宅ローン控除適用(初回)のため、確定申告
2021年12月 年末調整にて住宅ローン控除適用
2022年12月 年末調整にて住宅ローン控除適用

そして今年マンションを売却しました。
12月31日時点で居住していないので、今年の年末調整では住宅ローン控除にかかわる書類は提出しません。
近いうちに新たにローンを組んで居住用の住宅を購入する予定ですが、こちらでは住宅ローン控除が適用できないと理解しています。

また、上記のような内容で住宅ローン控除や3000万控除にかかわる確定申告を税理士に依頼する場合、個人でも対応してもらえるのでしょうか?

ご回答よろしくお願いいたします。

税理士の回答

ご質問のケースでは、3,000万円控除とローン控除は併用できます。
したがって、来年の申告で3,000万円控除を受けても、過去のローン控除分を納税する必要はありません。
この点は、対応した税務職員の間違いです。

ローン控除の家屋と3,000万円控除の家屋が別の場合にはローン控除分の納税が発生します。
ケースとしては、ローン控除の家屋に転居する前の家屋を売って3,000万円控除という場合。

なお、3,000万円控除では、買主が他人であることなど要件を満たすことが必要です。
また、利益が500万円とのことですが、3,000万円控除を受けないと短期譲渡で所得税住民税で約40%弱、200万円近くなると思います。
これと、新たな住宅のローン控除を比較することをお勧めします。

おって、個人でも税理士に依頼できます。
その際は、当税理士ドットコムに連絡して、譲渡所得に詳しい税理士を紹介してもらうと良いでしょう、無料で照会してくれます。

本投稿は、2023年10月18日 21時59分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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