クレジットカードでのNISAの購入が月5万円までに制限されている理由とは？

税法上の理由ではなく、金融商品取引業者等に関する内閣府令第149条の2第2号で、証券会社等が同一人に対して供与できる信用の限度額が10万円までと定められているためです。
クレジットカード決済の場合、NISAの購入からカード決済まで（信用供与期間）が1月以上になる場合もあり、前回の購入からカード決済ができていない状態で新たな購入を受け付けると信用供与の上限10万円を超えてしまう懸念があるため、クレジットカード決済を5万円までとしているものと考えられます。

そもそもどうして10万円までの上限が定められているんでしょう？
クレジットカードは通常50万円まで利用できると思いますが。

先の回答の通り金融商品取引業者等に関する内閣府令第149条の2第2号は「登録金融機関における信用の供与を条件と下有価証券の売買の受託等の禁止の例外」として、クレジットカードの限度額ではなくクレジットカード等を利用してNISAを含む有価証券の売買についての信用供与限度額を定めたものです。
通常の買い物の限度額ではありません。
上限が10万円と法令で定められているので、2回の購入が未決済の状態だと10万円を超えてしまうため、1回5万円と上限を定めているのものと思います。
より詳しいことは証券会社にお問い合わせください。（同じ回答にしかならないと思いますが）

変換ミスがありましたので訂正します。
「登録金融機関における信用の供与を条件とした有価証券の売買の受託等の禁止の例外」です。