確定申告の修正の件

当初申告における総所得金額が誤りだった訳ではないので、税務署が修正された申告書を受理するかどうかはわかりません。
仮に税務署で申告書を受理されたとしても、当初申告にて正しく処理している市町村で国民健康保険料の減額処理はされないと思います。

国民健康保険料の係に直接尋ねてみられるのが良いのではないでしょうか。

早速のご回答ありがとうございます。
実際に７月に相談した際、区役所の国民健康保険係では税務署で修正申告が受理されればそのデータに基づき健康保険料が再計算されるとのことでした。
また、このことを税務署に相談した際、１度、源泉徴収ありの特定口座で申告分離課税を選択して確定申告した場合は修正できないと言われ、釈然しません。
そんな政省令があるのでしょうか？

租税特別措置法通達37条の11の5-4(源泉徴収選択口座において生じた所得の金額等を申告した場合の効果）を参照ください。
源泉徴収ありの特定口座の一部除外を行うべく、更正の請求もしくは修正申告書の提出はできません。