確定申告で間違った金額の還付金の申告してしまったのですが、どうなるのでしょうか?

確定申告した金額に誤りがあった場合には、税務署からお尋ねがあると思います。特に罰則はありません。

　金額が少額ならば、そのまま市税も併せて還付される場合があります。
　税務署もすべて正しく処理をするには、事務量が足りない場合がありますので、少額なものほどそのままというケースがあります。

税務署では少額不追及という発想がありますので、そのまま処理されることも考えられますが、還付となると計算間違いを指摘してくることも考えられます。
指摘されたら正しく申告し直すか、職権で直して頂けば問題ありません。罰則もないと考えます。
万一、そのまま還付された場合で気になる時には、自主的に修正申告されるのが宜しいと思います。その場合でも罰則はありません。金額によっては延滞税がかかることもありますが、恐らく少額で不徴収になると思われます。

還付申告については、税務署で申告内容が正しいか否かの審査が行われ、誤りに気づけば還付は保留されます。その後、税務署から誤りの内容について問い合わせがなされて、修正申告等による是正が求められることになります。ただ、税務署の事務の繁閑や金額により、一旦還付をしておいて後日是正ということもあります。故意とか、不正還付との判断があれば別ですが、通常は罰則といったことはありません。

還付金は市税分が4万ほどなのですが、便宜上?国税としてまとめて還付される場合あるのですね。
いずれにしても罰則はないとのことなので安心しました。
問題があれば税務署から指摘があるとのことなので、それから対応したいと思います。