グリーン車定期の扱い

個人事業主が現場に行くまでの経費でしたらグリーン車でも経費可能と
考えます。
何も問題ないと思います。

非課税となる通勤手当を定めた「所得税基本通達9-6の3」において、その通達の中の（注）書きにおいて、「最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤の経路及び方法による運賃等の額」の中には、令第167条の3第1 項第1号に規定する「特別車両料金等」は含まれないことに留意する、とされています。
つまり、非課税とされる通勤費用には特別車両料金(グリーン車料金)は含まないとされています。
なお、業務のための出張の場合には、旅費規定を設けたもので役職等を考慮した妥当なものであれば、経費として認められるものと考えます。