確定申告の所得税の出し方（副業年間93万円の場合）

　所得税の確定申告は、1月1日から12月31日までの暦年で計算され、1年間にどれだけどのような所得があり、控除すべきものがどれほどあって負担すべき税額がいくらになるのかを明らかにして納税するものです。
　給与所得については、通常年末調整により税金の精算が完了しますが、ここには副業の収入などは加味されていません。
　そこで、確定申告で給与所得と副業分の所得を足して、またはこれに年末調整で控除されなかった所得控除を含めて所得税を計算します。
　給与所得につきましては、先に納付している税金がある場合には、これを確定申告により納める税金から差引しますので、二重に納めることにはなりません。

回答します

　所得税は、源泉分離課税とされる利子所得などを除き、その年中に各人に帰属する全ての所得を統合し、その所得の総額から基礎控除などや扶養控除などの所得控除額を差し引き、その残額（課税所得金額）に税率を適用して課税する「総合課税」を採用しています。
　また、累進課税を採用しているため、９０万円に対して５％の納税額となるのではなく、課税所得金額によって税率が決まるため、貴方が疑問と思われる納税額となりました。

　蛇足ですが
　給与所得者の場合は多くの場合1か所からの給与収入のみであるため「年末調整」により所得税の精算が完了することになっています。

　しかし、他の所得がある方の場合は、その所得を含めたうえで、その年の所得税額を計算しなおす必要があります。
　
　先に説明しましたように、所得税は累進課税を採用しており、所得の多い方ほど担税力が高いとしてそのような制度を取っております。

そういう考えから、確定申告で計算し直す必要があるのですね。
理解できました、早速ありがとうございます！

少しでもお役に立てましたら幸甚です。
　確定申告書は、国税庁HPの「確定申告書作成コーナー」で作成すると簡単です。
　電子申告（e-Tax）であれば提出も楽ですし、電子申告はできなくとも、印刷して申告書を税務署に郵送することもできます。
　なお、納税額が算出された時には、郵送の時には納付書を請求するとともに、控えと返信用の封筒を同封して送った方が良いです。

　確定申告書作成コーナーのアドレスを紹介します。
　https://www.keisan.nta.go.jp/kyoutu/ky/sm/top#bsctrl