年末調整と確定申告での所得税額の違い

回答します。
源泉徴収票が誤っている可能性が高いです。普通なら寄付金控除をうけたら還付です。
直ぐに勤務先の経理担当に確認を求めることをお勧めします。
勤務先の誤りなら、場合によっては、確定申告で納付することもあり得ます。

ご回答ありがとうございます。その後会社の担当に聞きましたが、「給与支給が2000万の場合は会社での年調ができず、年税額計算 過不足税額の調整も会社ではできない。」という回答でした。源泉徴収票には年調未済とあり、年末調整過不足税額はゼロとなっているのですが、そもそもしっかり計算した結果の過不足ゼロではなく、2000万以上は計算もなく一律でゼロとなるようになっているということでしょうか？

給与がその金額なら、相当の源泉徴収税額が引かれるはずです。
年末調整できないのは事実ですが、通常は保険料控除を年末調整で受けていないので、確定申告では還付になるケースが多いです。
心配なので、本来なら税務署で確認を受けるべきかと思いますが、納付なら3月15日という期限があります。
一旦、それで申告を行い、後日、税務署で確認してもらうことを検討した方が良いと考えます。