法人の確定申告について

都税事務所・・・均等割りは、収益事業とは関係なく、法人の存在に係る税金です。
国・・・利益がないので・・・税金がないだけです。

税務署では、活動実績がないとして税金の支払いは発生しませんでした。

→活動実績がない＝税金が発生していないのではなく、利益がない＝納税額がないということです。

都税事務所では、役員報酬を払っている＝事業を行っていたとみなすとされ、均等割りを課せられました。
収益事業をしていなくても事業を行っていたということになるのでしょうか。

→都税は利益に対して係る税金と、均等割と言って法人を東京都に設立している以上儲けに関係なく課税される税金があります。この均等割については、お金の動きが全くない法人については行政判断で均等割もゼロにしてくれることがある、という位置づけですので基本的には均等割は発生します。つまり役員報酬や社会保険料が発生している以上、免除はされないのが通常と思います。

税務署と都税事務所での判断が違うのも、やむを得ないことでしょうか？

　→判断が違うのではなく税金の種類が違うだけです。法人税は利益に対するもの、都税は利益に対するものと、法人が存在する以上課せられるものがあるため、今回は法人の存在に対する税金は納めるということです。判断や解釈などの違いではありません。

よろしくお願いいたします。

よくわかりました。
ありがとうございました。