更正の請求にて寄付金控除を追加したいが税務署で出来ないと言われ対応方法を知りたい

お住いの市区町村役場の市民税課に相談してください。
個人住民税は税務署の所管ではありませんし、所管する所得税（国税）の源泉徴収税額が0円であれば税務署が更正の請求を受けることもできません。

たぶん市役所で受付してくれます。直接市役所へ行くといいです。障害者控除を申請しわすれた人で、所得税の還付がもうない人に、直接市役所へ行ってもらって、住民税相当額を返してもらったことがあります。同じだと思います。

回答します。
税務署の判断だけです。実際、税額「0」の申告書は受付しています。総提出件数の何割かはあります。具体的には毎年確定申告の記者発表がありますので、総提出件数から税額あり、還付の申告件数を差し引いた上記以外がそのような申告です。
このため郵送での提出をお勧めします。郵送は受理しますので、あなたの控えと返信用封筒も入れて郵送してください。
また、申告書類の作成は、国税庁HPの確定申告書等作成コーナーの書面提出を利用すれば問題ありません。操作等がわからない時は、税務署に電話して「1」を選択すれば、国税局電話相談センターに繋がります。そこで操作、入力方法を教えてくれます。