会社員の確定申告について

会社が提出した給与支払報告書に基づいて計算した住民税額よりも少ない金額の特別徴収税額通知書が会社に行きますので、会社の担当者が気付けばバレる可能性はあります。
給与所得と事業所得の赤字を損益通算して確定申告する以上、方法はないと思います。

すみません。一点訂正します。
医療費控除やワンストップ特例を利用しないふるさと納税でも所得は減少し住民税の特別徴収税額は下がりますが、副業禁止の会社でバレたときに虚偽の言い訳を推奨するものではありませんので、自己責任でご判断ください。

ご回答頂きありがとうございます。
会社に送られる特別徴収税額通知書には具体的な赤字分の金額は載ってしまうのでしょうか？

自治体によって様式が異なりますので確定的な回答はできませんが、所得別に金額を記載する自治体もあるようです。
お住まいの自治体にご確認ください。