父の遺産を妻の口座に入金

残念ですが夫婦間でも贈与契約は成立します。
奥様の口座に入金し、奥様もそれを投資や買い物に費消したとなれば贈与になるでしょう。
本来であれば、奥様は贈与税の申告納税が必要でした。
贈与税の時効は6年ですから期限後申告ができます。
さらに、ご自宅があなた名義であるならば、建て替えに奥様の預金等を利用すればそれもまたあなたへの贈与になる可能性があります。
消費貸借契約書を作成し、奥様から借りるという方法が良いかもしれません。

早速のご回答ありがとうございます。
実際には投資などで使ったのは１００万円程度で残りの９００万近くは妻の口座にそのままになっているようです。この残金を私の口座に戻せば贈与税の対象にはならないでしょうか？

贈与は「あげます。もらいます。」という双方の合意により成立します。
奥様の口座に入金され、投資、買い物に費消し残額はそのまま預金されていたのですから贈与とみなされます。
最終的には税務調査の問題ですので、900万円といわず1000万円を戻し、もしも指摘を受けた場合はよく考えずに入金してしまったと事実を述べてはいかがでしょうか。

アドバイス頂いたように１０００万円を私の口座に戻すことにします。
お手数をお掛けしました。