副業分の申告について

相談者様は「本業」の会社に勤務されている給与所得者という理解で宜しいでしょうか？
そして、税務調査は「本業」の会社に入るという理解で宜しいでしょうか？
以上の理解を前提に回答いたしますので、ご了承ください。

源泉所得税の税務調査は、会社の給与や報酬の源泉税が正しく徴収されて納付されているか、また年末調整が正しく行われているかの確認になりますので、相談者様の副業に関して調べたり、そのことが会社に知られるということはないと考えます。

なお、ご質問文の金額（本業450万円、副業100万円）の場合には確定申告が必要になりますので、今からでも期限後の確定申告をされた方が宜しいと思います。
税務署から指摘されてから期限後申告を行うと「無申告加算税」（15％）がかかりますが、自主的に申告を済ませておけば加算税が5％に軽減されます。

副業の稼ぎがあれば住民税が変わりますね。
特別徴収されていれば、会社も住民税額が変われば、気にされる方もいらっしゃるかもしれません。

これを機に、副業の許可を取っておく。或は、兼業禁止等であれば、これを機に副業は止める。その上で、会社から聞かれたら止めた旨お答えする準備をしておく、というのが王道でしょうか。

兼業禁止であれば、解雇理由の一つになりますし、会社は何時でもそのカードを持っておくことができます。勿論、それだけで即、解雇、とはならないと思いますが、副業の対価と比して、リスクがあまりにも大きすぎるように感じます。

ありがとうございます。
追加で質問ですが、確定申告に必要な書類は源泉徴収票の他にありますか？

確定申告することになればもちろん。
http://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1300.htm

ご連絡ありがとうございます。
確定申告されるときには、本業と副業のそれぞれの源泉徴収票が必要になります。また、年末調整で控除されなかった所得控除がある場合には、その控除証明書等もご用意ください。
宜しくお願いします。