売上の記入ミスがありました。

まず、事実の確認でしょうか。通帳記録と元帳、パソコンデータ、申告書の整合性の確認。これを過去3年分整理した上で、同様の事象が今回だけ、少額であれば、発生理由を説明し、また、今後生じないようにどう対応したか等説明整理し、後は、まな板の上の鯉、となりましょうか。

今は税に関して法律が厳しくなっていると聞きます。
審査前に自主的に修正申告をすれば重加算税は回避できますか？

お願いします

毎年、同様に売上の過少計上が多額にあれば、意図的と判断される可能性があります。
特定の年のみで、少額であれば、誤りの説明で足りると思います。
調査連絡前の自主的な修正申告であれば、回避できたと思いますが、今となっては難しいと思います。

まな板の鯉ですね。担当者次第でしょうか。過去、また、他にないと良いですね。

3年間、確認しましたが、売上を2重に計上しているものが一件、期ズレで計上していなかったものが一件ありました。
特定のことを正確に作業することが苦手なのでもしかしたまだミスがあるかもしれません。

いずれにしても、記入ミスが原因なので理解してもらえるように説明する他ありませんね。

担当の方が来たら真っ先に言うべきでしょうか？

論点になればで、良いのではないでしょうか。
整理して、説明できるようにしておいて今後の改善策等も説明できると良いですね。

説明で理解してもらえると思います。
質問をされたらの返答でよいと思います。