度重なる修正申告や残高の不一致

回答します。
そこまで心配することはありません。逆に真面目な方との印象です。税務署の仕事は、調査、徴収だけではなく、相談、指導も大切な仕事です。
真面目に記帳しようしている方に対して、問題ばかりだから調査なんて絶対に行いません。分からないことなど、遠慮なくまずは電話相談し、その後、税務署での相談予約を行ってください。

丸山先生様

ご回答ありがとうございます。
そう言っていただけて安心しております。
ただ、自分としては真面目とは言い難く、下記のような後ろ暗い点があり恐縮ですが追加でご相談させていただければと思います。

本当に恥ずかしいのですが、
・会計ソフトの初期設定を間違えており初年から資金の金額があっていない（数百円のお小遣い稼ぎがある年の途中から急に事業レベルに発展した経緯があります）
・更に全取り引きを「現金」として計上している
（実際はクレジットや銀行のみ、少額の雑費のみ現金）
・プライベートと事業の口座やカードを分けておらず、記帳は事業に関するもののみで、プライベート用に引き出したものは一切記帳していません。本当は事業主勘定を使うんですよね。
・収入や経費について、通帳のコピーやカードの利用明細、領収書は全て取ってあります。

収入と経費の誤魔化しはなく、“現金か預金かを分けていない”“それにより貸借対照表や現金出納帳がおかしい”“残高がおかしい”などが後ろめたいミスとなっていると思います。

できれば青色申告を続けたいし、次の確定申告からそういった金額の差をなくしてちゃんと記帳していきたいと税務署に相談した場合、『過去の帳簿のつけ方が青色申告の要件に満たない』とみなされ控除が取り消されることはありますか？
藪蛇にならないか心配で相談できず今に至ります。
今からではどうにもならないようならやはり白色に戻ろうかと思います。

ご相談ばかりで恐縮ですが、ぜひよろしくお願いいたします。

追記いたしますと、通帳のコピーやカードの利用明細が取ってあるのは事業に関係する収入や出費があった部分のみ（ネット上の通帳や明細のスクリーンショット）で、全取引ではありません。これも問題でしょうか。よろしくお願いいたします。

大きな問題ではありません。まず損益計算が違うと税金の計算が違いますので問題です。しかしながら、現金、預金の違いは税金の計算に相違はないので、今後、勘定科目を間違わないようにすれば大丈夫です。

すごく後ろめたかったですが、税金に影響しない部分だということで安心しました。ご丁寧にお返事をいただき大変助かりました。ありがとうございます。