売上金の申告について

この場合、売上過少申告などで税務署などに指摘や税務調査の恐れはありますでしょうか？　

必ずあると考えて、その不足分の調査を至急行ってください。

不足分の調査はしましたが、特定される原因は見つからず、
再度、売上管理サーバーシステムの会社に問い合わせました所、機械とサーバー間での不具合により売上が実際より多くなったり少なくなったりする事は起こり得るとの回答でした。尚、サーバー上の売上記録は３年で消去されるとの事です。

この場合、実際に集金した売上が実際の売上であると実証できないものでしょうか。

再度、売上管理サーバーシステムの会社に問い合わせました所、機械とサーバー間での不具合により売上が実際より多くなったり少なくなったりする事は起こり得るとの回答でした。
上記回答について、しっかりと証拠を残してください。
不可思議に思えます。
サーバー上の売上記録は３年で消去されるとの事です。
上記もあり得ないことのように思います。
この場合、実際に集金した売上が実際の売上であると実証できないものでしょうか。
こちらに実証責任があります。
どのような資料で、行うのか・・・。
闘いです。
一度、税務署にも事実を打ち明けて、相談ください。

提案です。
まったくこちらの意思が入らない機関の人に、集金業務を依頼してみてください。
売上と、集金の額を、毎回記録報告させてください。

ご回答、ご提案ありがとうございます。

サーバー上の売上記録は３年で消去される点ですが、実際に2019年８月以前のサーバー上の売上データも修正履歴も見れなくなっています。
当時、サーバーからダウンロード保存した売上表で売上は見られます。それは修正済データですので、修正履歴は分からず、実際に集金した売上金額となっております。
売上は足りない分をサーバー上で修正しても、ダウンロードすれば正規売上としてダウンロードされます。それを経理に提出していたわけです。　

また、他機関への集金委託も検討してみたいと思いますが、恐らくサーバーとは合わないと思います。

売上がサーバーと合わない事の実証と証拠を確実にしておこうと思います。

重ねての質問で申し訳ありません。

上記の今の状況で、税務調査が入るとしたらどういうタイミングになりますでしょうか？

上記の今の状況で、税務調査が入るとしたらどういうタイミングになりますでしょうか？
上記については、税務署のみ知るとしか言えません。
税務署にとっては、年間300万円は、5年間で、1,500万円は、規模などを見るとある意味、もう検討しているかもしれません。
過去について、修正申告をするか？
正しい売り上げを、正確に計上する方法を至急検討ください。
以上で、回答は終了します。

ありがとうございました。
集計方法の見直しなど、慎重に検討致します。