ＣＡＤ内職の報酬について

ご質問ありがとうございます。
お悩みの通り、源泉所得税の仕組みは大変複雑です。

報酬をもらう側として簡単な方法としては、1月か2月くらいに発注側の会社様に「源泉徴収票」か「支払調書」をもらうことです。

給料扱いなら「源泉徴収票」、外注扱いなら「支払調書」がもらえるはずです。あとは確定申告の参考書を見るか、税務署で教えてもらえば一丁あがりです。

源泉徴収は支払う側の義務ですので、万が一間違いがあったとしても質問者様に不利益になることはないでしょう。

もう少し詳しいところを補足させていただきますと、

会社が個人に仕事の対価を払う際には、給与か外注報酬があります。
いずれの場合も源泉所得税が引かれる場合があります。

給料の場合は金額にもよりますが原則として源泉所得税が引かれます。
なお、給料には消費税はかかりません。

外注報酬の場合は、業務内容によって源泉所得税が引かれる場合と引かれない場合があります。どんな業務が源泉所得税を引かれるか、国税庁がホーページで公開していますが、質問者様の場合ですと、「デザイン報酬」または「建築士報酬」に該当すると発注会社様が判断した場合には源泉所得税が引かれます。CADオペはグレーゾーンですので経理担当者によって判断が異なることもあるでしょう。
なお、消費税については外注報酬にはかかります。金額が10,000円などキレイな数字でも、税込み10,000円という処理になります。

いずれにせよ、発注会社様が判断することですので、質問者様におかれましては、支払の内容を把握して、そのとおりに確定申告すればご心配ありません。