日本人海外留学生に有償で相談できるアプリを作っています。その際の決済に関する留意点をお聞きしたいです

結構ややこしいですよ。

１．まず、留学生が所得税法上の「非居住者」にあたるかどうかを確認します。
所得税法では、「居住者」とは、国内に「住所」を有し、又は、現在まで引き続き1年以上「居所」を有する個人をいい、「居住者」以外の個人を「非居住者」と規定しています。「居住者」なのか「非居住者」なのかで取り扱いが変わります。

２．「居住者」の場合
源泉徴収すべきかどうかは微妙です。アルバイト（雇用）の場合は、給与所得としての源泉が必要ですが、請負であれば不要だと思われます。アルバイト的な性格が強いようですが、「請負契約」をかわすことも可能だと思います。請負契約の場合、源泉徴収は不要です。いずれにしても契約書を交わす習慣をお持ちになるのが良いでしょう。

３．「非居住者」の場合
原則として、非居住者に対し人的役務の報酬等の支払をする者は、その支払の際、源泉徴収し、納付する義務があります。税率は20.42％です。
ただし、租税条約により、税率が免除され、又は軽減されることが多いです（相手国により違います）。この場合は、「租税条約に関する届出書」を提出する必要があります。「非居住者」に対する制度は複雑ですので、所轄の税務署に確認された方が良いでしょう。

５．支払方法がアマゾンの金券であっても、特に取り扱いが変わることはありません。

6．上記のように、手続きが複雑ですので、手続きをなるべく定型化できるよう工夫されるといいと思います。①契約関係を明確にする、②居住者・非居住者の判定フォームや根拠資料リスト、源泉税計算シートを作成しておくとかですかね。



参考：国税庁タックスアンサー

No.2875　居住者と非居住者の区分
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2875.htm

No.2885 非居住者等に対する源泉徴収のしくみ
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2885.htm

No.2884 源泉徴収義務者・源泉徴収の税率（←非居住者）
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2884.htm

No.2514 パートやアルバイトの源泉徴収（←居住者でかつアルバイト扱いする場合）
https://www.nta.go.jp/m/taxanswer/2514.htm

参考：国税庁
［手続名］租税条約に関する届出（人的役務提供事業の対価に対する所得税及び復興特別所得税の免除）
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/joyaku/annai/1648_44.htm