所得証明書について

こんにちは。
質問者様がおっしゃる４４万円というのは給与所得ではなく給与収入なのではないでしょうか。
給与所得は、給与収入（年収）から給与所得控除を差し引いた金額をいいますので、その点について確認されるのが良いでしょう。

給与収入が44万円であれば所得証明書には0円と記載されるということですか？

最低でも給与所得控除は５５万円ありますので、年収５５万円以下の方の給与所得は０となります。
市区町村ごとに所得証明書の様式は異なりますが、一般的には給与収入のほかに給与所得の欄があるのではないでしょうか。その場合には給与収入４４万円、給与所得０円と記載されることになります。

給与収入の欄がないことはありますか？

一般的には給与収入と給与所得の両方が記載されているかと思いますが、市区町村ごとに様式が異なります。所得証明書について何かご不明な点があれば、お住まいの市区町村の役場で確認されるのが良いでしょう。