休業手当について

そもそも、その契約は有効なのか疑問です。

雇用調整助成金、100％休業手当を支払ったものとして役所に請求していると思うので、1日15,000円を限度に100％休業手当を支払ったものとして支給されているはずで、後に60％に減額できるのなら、会社は助成金を貰いすぎになります。

最初から60％しか休業手当を支給していないものとして、雇用調整助成金を請求していなければ、もらい過ぎにはなりませんが、従業員の立場では調べようがありません。

そもそも、一旦支給した給与を、後で減額できるのか疑問です。
退職するのなら、退職後に労働基準監督署に相談されるのが良いと思います。

ありがとうございます。
最初から4月から9月までの72日分を給料の60％しか支給しなければ、貰い過ぎた分を後から返さなくても良かったのにと思います。
気になるのが、今まで100％支給された給料で社会保険料や税金を支払っているので、会社へ貰い過ぎた差額の40％を返金した場合、今後の社会保険料や税金がどうなるのか心配ですし、会社が脱税や違法に雇用助成金を取得したとかにならないのでしょうか？

労働基準法では、事業主の責任で休業させた場合、平均賃金の60％以上の休業手当を支給しなければなりません。労働基準法は最低限の基準なので、60％を超えて支払うことは自由です。就業規則がどうなっているか確認したいところです。
休業手当を支払った場合、支払った額に応じて上限一日当たり15,000円の範囲で、事業主が請求すれば雇用調整助成金を受け取れますが、60％支払いの場合と、100％では助成金を受け取る金額が違います。
事業主が最初から60％支払ったものとして請求していれば、受け取り過ぎにはなりませんが、従業員には調べる方法がありません。

100％支払ったと申告して請求して、60％しか支払っていなければ、違法となります。受け取った金額を収入に計上していれば、脱税には成りませんが、これも従業員の立場では確認できません。

そもそも、一旦支払ったものを、後で減額が可能かが疑問です。

社会保険は、標準報酬により保険料が決められ、源泉所得税のように毎月毎月、変動しません。
ちなみにコロナ特例もあります。
https://www.nenkin.go.jp/oshirase/taisetu/2020/202012/1224.html

読んでいただくと分かりますが、労働者の同意が必要です。
社会保険は、色々と決め方があり、相談文だけでは判断できません。

税金は、減額後の数値で計算し直すことになります。