SOHOの家事按分を100%経費にすることに関して

この場合、100%経費として計上する

事業専用であれば、100％でよろしいのではないでしょうか。

あくまでもSOHOとして契約を継続することに問題があるか

これは、大家さんとの合意になります。なお、居住用をSOHOとして黙認してもらうとすれば、居住用のままの契約の場合、消費税の仕入税額控除はできないことになります。

ご丁寧にご回答いただき、ありがとうございます。

ちなみに、通常の賃貸契約を継続する場合でも、新たに購入した家が基本的な居住スペースになるため、この継続している物件は約90％が副業のために利用スペースとなります。

この場合、家賃の90%を経費にすることは問題ないでしょうか？（あくまで実態として適切である場合）

また通常の賃貸契約である場合に上記のような割合で経費として計上する場合、大家に何かしらのご迷惑をおかけする可能性はありますでしょうか？（税務署に通常の賃貸契約として認められないなど）

お忙しい中恐れ入りますが、ご確認のほど、よろしくお願いいたします。

＞家賃の90％を経費
　事実認定の問題ですが、おっしゃるとおり実態として適切であれば、問題ないと考えます。逆に何％でなければならないという規定はないです。

＞大家に何かしらご迷惑
　居住用のアパートで、大家さんがＳＯＨＯを黙認するのであれば、大家さん側には特に問題はないと思います。ただ、契約が居住用（あるいは実態として居住用）となっているので、消費税が非課税となります。質問者様は、課税取引として仕入税額控除できません。