住居兼事務所の消費税の家賃按分について

このケースでは、貴殿の選択肢の①が良いです。

②だと否認されるのでしょうか？
1万円の部分は丸々事業として請求されているのでプライベートとは按分できない部分かと思ったのですが
駄目な根拠を教えていただけると幸いです。
よろしくお願いします。

店舗兼住宅とかでなく事業用としての契約なので、住宅部分が非課税ということは考慮されず、10万円全体に消費税がかかっているものと思われます。
実際に負担しているのは税込金額なので、按分は税込金額で行います。
本体価格だけ按分するといった方法は採りません。
②のように本体価格のみ按分して3万円に対して消費税が1万とすると、消費税率の対応が10%にならなくなります。