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関連会社の自社株を譲渡する場合の価額について

中小企業の社長です。関連会社を本体の事業会社の子会社化しようと考えております。
書籍で調べたところ、関連会社の株式を本体の会社の譲渡する場合には、法人税法の時価というものが適用になると知りました。
しかし顧問税理士は、純資産価額で譲渡しても問題はないと回答しています。
これは私の受け取り額を増やそうと税理士が考えてくれているようですが、私は特にその必要性は感じていません。

下記のケースで、1,500ではなく、2,000で譲渡した場合、何か問題がありますか?
後で税金を取られるのは避けたいです。

類似業種比準価額 1,000
純資産価額    2,000
法人税法上の時価 1,500

よろしくお願いいたします。

税理士の回答

本件、関連会社の株主であるご質問者(個人)から、ご質問者様が社長兼株主をされている本体の会社(法人)へ関連会社の株式を譲渡される、という認識であっておりますでしょうか?
当該認識で相違ないものとして以下回答させて頂きます。

時価より高い金額で高額譲渡された場合、個人には時価までの部分は譲渡益として所得税が課され、時価を超える部分は給与所得として取り扱われるかと存じます。
一方、法人側は時価が取得価額として扱われ、時価を超える部分は役員給与として取り扱われるかと存じます。

何を重視されるかかと存じますが、ご質問者様が特段必要性を感じられていないのであれば、取引全体で見た際に不必要な税金を払わなくて済む時価での譲渡がよろしいかと考えられます。

◆ご参考:経済的な利益の供与9-2-9(3)ご参照
https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/hojin/09/09_02_02.htm

以上、少しでもご参考となれば幸いです。

ご丁寧に解説をいただきありがとうございます。
また理解するのに時間がかかり、返信が遅くなり、申し訳ありません。
先生がお考えの前提条件で間違いありません。
私の質問の状況では、給与所得課税となることがよくわかりました。私は特に高い価額での取引は希望しておりませんので、法人税法の時価で取引をしたいと思います。
その線で、一度、顧問税理士と話をしてみますが、もし納得されない場合には、別途対策を検討します。
ありがとうございました。

本投稿は、2025年07月28日 09時46分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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