法人成り：土地の賃借料の経費化と自己所有の建物の経費化

事業を法人成りされたということですので、建物物件の所有者はお父様のままという前提で回答します。お父様と地主との間の賃貸借契約は変わらないとは思いますが、契約内容に建物を転貸する場合の条項が入っていると思いますので取り扱いはご確認ください。転貸借を認める内容であれば、お父様自身は法人と建物の賃貸借契約書を締結し家賃を頂くことになります。この家賃の対象になるのは工場と事務所兼住宅の事務所部分になります。住宅部分は事業とは関係ないので家賃の対象にする必要はございません。確定申告の際には収入は法人からの家賃、経費は工場に係る費用、事務所兼住宅に係る費用のうち事務所に関わる割合部分と地主に支払う賃借料のうち工場及び事務所部分に相当する部分（住宅部分は除く）の費用を計上することになります。法人で費用計上するのは支払う地代家賃のみです。したがって家賃設定時には不動産に係る諸費用を賄えるように設定しないとお父様個人の負担が大きくなりますのでご注意ください。

ご回答ありがとうございます。大変よくわかりました。
地代が20万円、事業占有割合が20％とすれば16万円が父の不動産収入の経費となるということですね。その他に建物の固定資産税、火災保険料、修繕費等を見込んで会社から受け取る金額を設定します。あまり高額だと否認されると聞きますが、例えば近隣の賃貸情報から坪単価を算出して会社の敷地に当てはめるような計算でもいいのでしょうか？それだと、割と高額になってしまい、必要経費＋α程度の支払いで済ませたいところではありますが・・・比較的低額で賃借することに問題はありますか？
また、建物を含めた賃貸借になりますから、父と会社の取引は、全額消費税の課税取引ということでよろしいでしょうか？

上記の事業占有割合は80%ですね。まずは近隣相場を基礎に家賃を検討していただければと考えます。相場より低額で賃借した場合、法人では受贈益と認定地代家賃が生じますが、同額なので課税上は変化はありません。お父様のお家賃はその家賃で収入計上していただければ結構です。具体的に全体の金額をもとに検討する必要がありますが、仮にお父様の不動産所得が高くなる（言い換えると家賃が高い）ということであれば役員報酬を見直し、決算を迎えた後、役員報酬の減額を考えてもよいかと考えます。家賃は工場・事務所に対する家賃なので消費税の課税取引になります。

とても参考になりました。ありがとうございます。
十分検討いたします。

追加でお伺いしたいのですが・・・。
事業は自動車整備業でして、建物がある敷地と同じ区画に、建物全部と同じくらいの面積の車両置き場を有しています（砂利敷き　明確な区切り等は無し）自動車整備工場の許認可において必要な空間なのですが、これも、建物に付帯する設備として賃料に含めた場合、消費税の課税取引としていいものでしょうか？
それとも、土地のみの転貸借契約を結び、非課税取引で計上しなければならないのでしょうか？
会社としては課税取引の方が、課税事業者になった時、支払う消費税が減りますよね？問題ありませんか？

砂利敷　明確な区切りはないということですので駐車場設備には該当しません。したがって土地の転貸借に該当しますので非課税取引になります。