入社予定従業員　奨学金制度

やはり給与になると考えます。
研修費にはならないと思います。
科目を研修費にしても、年末調整では、給与に＋するようになると考えます。

ただ、2年間退職しないことを条件にしようと思います。
2年以内に退職した場合には、学費を返還してもらいます。

このような条件を付けると、2年間は、立替金になると考えます。
その後、給与或いは賞与になると考える。

所得税基本通達36-29の2
課税しない経済的利益……使用人等に対し技術の習得等をさせるために支給する金品

上記には該当しないのでしょうか？

専門学校は、それには当たらないと考えます。
社員が、専門学校の卒業の資格を得ます。
一度所轄の税務署に書類回答の形で、問い合わせを、したらどうでしょうか？
すっきりします。