給料の非課税交通費について

合計表とは法定調書合計表のことでしょうか？
そうであれば、問題ありません。
会計ソフト上は、課税交通費は旅費交通費勘定で処理されており、給与計算上は、課税交通費を所得税の対象となる給与の一部としております。
法定調書合計表は、所得税の対象となる課税交通費を含めて集計しているからです。

法定調書合計表の金額と、元帳の給料勘定の金額とは一致しないことがあります。

ご質問のとおり交通費などで給与として源泉徴収の対象となった金額は、給与の支給額に加算されます。
源泉徴収簿は加算された金額を含めて計算され、源泉徴収票の金額にもなります。
合計表の金額は、源泉徴収簿の金額を基に集計されます。
したがって、合計表の金額は元帳の給料勘定の金額より大きくなることがあります。

消費税処理については、従業員等に支給する通勤手当のうち通勤のために通常必要とする範囲内のものは、所得税法上非課税とされる金額を超えて源泉所得税課税されている場合であっても、その全額が課税仕入れになりますので、調整の必要はありません。

合計表の金額は、元帳の給料勘定の金額ではなく、源泉徴収簿の金額であると考えるとスッキリすると思います。