作品が売れて、マージン分を引いた額が振り込まれましたが領収書がもらえず、手数料の証明が難しいです。

金額だけ記載された決算書またはメールでの収支報告書しかありません。
これらは領収書と同じように証明になりますか？


決算書やメールでの収支報告書も証明になりますので、印刷して保管していただければ結構です。


通帳に売値が記述されていない場合は振り込まれた分だけ売り上げとして計上していいのでしょうか？


売上はあくまでもマージン（手数料）を引かれる前の金額で計上して下さい。
そして、先方のマージンはおっしゃる通り「支払手数料」として経費で計上して下さい。

よろしくお願いいたします。

　個人的見解になりますが、引かれたマージンの額が決算書や収支報告書のメールに記載されているのであれば、それをもって当該マージンを「支払手数料」として処理する根拠資料として差し支えないものと考えます。
　収支報告書のメールは印刷して保管する必要があります。
　振り込まれた金額だけ売上として処理するのは、税法上正しくないので、やめておきましょう。

メールの内容でも証明になると知れてよかったです。ありがとうございます。
元売値を売上に、マージン分を支払い手数料として経費に計上する旨も承知いたしました。
わかりやすくご説明感謝申し上げます。