元入金について質問があります

その口座を事業として記帳する場合は、100万円のみとするとその差額がどのようになるのかという問題が生じます。

従いまして、『8/1時点での口座残高残額』とするべきだと思います。

9/10に新しく口座を開設
開業日は8/1で事業に関係するお金の出入りは現在一切ない
9/20辺りから直接的なお金の動きが発生する予定です

この場合は新しい口座に100万円のみを入れてそれを元入金として仕訳することは可能でしょうか？
それとも口座変更の際に
100万円を口座移行、残った残高は事業主貸で元入金はマイナス状態で来期を迎えるという形のほうが正確でしょうか？

新しい口座に100万円のみを入れてそれを元入金として仕訳することは可能でしょうか？
→よろしいかと思います。開業してすぐにお金の移動がないこともあります。9月10日に新しい口座を開設したと同時に100万円が入金されたのであれば、その100万円を元入金にされればと思います。

100万円を口座移行、残った残高は事業主貸で元入金はマイナス状態で来期を迎えるという形のほうが正確でしょうか？
→8/1時点での口座残高から記帳する場合はこちらになります。事業のスタートに運転資金を有しており、その一部を事業主貸に振り替えることはあります。

結局、どの時点から記帳を始めるかで、どちらかを選択されればと思います。