決算月の売上明細が2～3ヶ月後になってしまう場合の対応方法

この場合は概算（明細がない状態）での計算で決算申告することになるのでしょうか。

ご質問者様のご理解の通り、概算での計上になります。法人税法基本通達にも以下のようになっておりますし、合理的なご事情がありますので、大丈夫ではないでしょうか。

また申請により申告期限を3カ月に延長することも可能ですので、こちらもご検討されてはいかがでしょうか？
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/1554_12.htm

（販売代金の額が確定していない場合の見積り）
2－1－4　法人がその販売に係る棚卸資産を引き渡した場合において、その引渡しの日の属する事業年度終了の日までにその販売代金の額が確定していないときは、同日の現況によりその金額を適正に見積るものとする。この場合において、その後確定した販売代金の額が見積額と異なるときは、その差額は、その確定した日の属する事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当する場合には、当該連結事業年度）の益金の額又は損金の額に算入する。（昭55年直法2－8「六」により追加、平15年課法2－7「六」により改正）
https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/hojin/01.htm

ご回答いただき、ありがとうございました。

以下、２点ご確認させて頂ければ幸いです。

・申告期限を３か月延長できるとのことですが、
　こちらは会見監査等を設置していない小規模法人であっても
　特別な事情があれば認可されるものなのでしょうか？

・概算での申告が完了したのち、収益が予測より大きい事がわかった場合は　
　なにかしらの課税ペナルティを負う事はあるのでしょうか？

以上、よろしくお願いします。
　

・申告期限を３か月延長できるとのことですが、
　こちらは会見監査等を設置していない小規模法人であっても
　特別な事情があれば認可されるものなのでしょうか？

特別な事情があれば大丈夫です。

・概算での申告が完了したのち、収益が予測より大きい事がわかった場合は　
　なにかしらの課税ペナルティを負う事はあるのでしょうか？
ペナルティを課すかどうかは税務署の判断ですが、ご質問者様のような合理的な理由があり、かつ適切な処理（申告期限時点で可能な限り合理的に見積もり、申告期限の延長等出来得る策を講じている）等をされていれば大丈夫ではないでしょうか。