貸借対照表のバランスシートが合わない

帳簿を見ていないため、推測での回答になります。
いずれかの仕訳で貸借が桁違いになっている仕訳はなかったでしょうか。
貸借対照表を見て、不自然に高額・低額になっている科目がある可能性があります。
その科目を確認してみてください。

資本金で入力した100万円がプラスになってしまっているのですが、資本金は入力しなければならないですよね．

資本金の入力はどのようにされたのでしょうか。
もし、期首残高を調整するように入力されていましたら、その分がずれている原因かもしれません。

赤字決算の繰越は
マイナスにして利益剰余金に記入すればよろしいですか？

赤字決算で繰越利益剰余金の金額を損失が上回る場合には、ご認識の通り、繰越利益剰余金がマイナスで記載されます。
貸借対照表上で純資産の中にマイナスの金額が記載されている状態になります。