決算時に税額が発生する理由

中間（予定）納付では、
（前年税額×１／２）＋（均等割７万円×１／２）という内訳となっています。
そして、単純計算ですが決算で赤字だった場合、
・利益に係る税額はゼロに。
・均等割（赤字でも必ずかかる会費みたいなもの）７万円。
になり均等割７万円のみの支払いとなります。
そうすると、決算時に
・前年税額の１／２の支払いは、実際の年税額はゼロのため、全額還付
・均等割は１／２だけの支払いのため、残り１／２の支払い
に、なります。
また全ての役所が該当するか分かりませんが、この均等割も均等割以外の予定納税と充当出来る所もありますので、該当の都道府県・市区町村に充当希望なら、ご確認してみて下さい。

法人には法人税の他、都道府県に対し法人道府県民税と事業税、市町村に対し法人市民税が課されます。赤字決算の場合は基本的に税額は０円です。（決算書上赤字でも、益金算入・損金不算入事項があり課税所得が発生する場合もありますが）道府県民税・事業税と市町村民税には所得割と均等割があり、赤字の場合は所得割には課税が発生しませんが、均等割は発生します。各自治体により若干異なることがあるかもしれませんが、その額は年間で都道府県は２万円、市町村は５万円が標準です。ご相談者様は中間納付で１万円と２万５千円を納めたものと思われます。したがって残りの半分を今回の決算で納めなければいけません。ただそれ以外の所得に対して課される所得割などについて中間納付した税金は還付を受けられるものと思われます。まずは何の税金をいくら納めたのか整理してみてください。