関係会社株式か、子会社株式なのかわかりません

まずはB社に対する議決権の所有割合で判定することになります。
代表A氏からB社株式の35％を譲り受けたとのことですが、B社株式の残りの65％は誰が所有しているのでしょうか。
仮に代表A氏が所有しているのであれば、B社に対する議決権が100%（会社所有35％、代表A氏所有65％）となるため、子会社株式に該当いたします。

B社株式の残りの65％が代表A氏以外の方が所有しているのであれば、他の要件から検討していくことになります。

奥村様
ご回答いただきありがとうございます。
残65％は
B社代表取締役(C氏)59％
D社6％
を所有しています。

もともとB社はC氏の会社で、弊社のA氏があとから共同代表取締役になった形です。
このような場合はどの要件から検討していくべきでしょうか。

残り65％の状況のご回答ありがとうございます。

そうしますと、現状ではB社に対する議決権割合は35％ということになります。
D社が所有するB社株式は６％と低いため、残りの59％を所有するB社代表のC氏と貴社の関係性が重要になります。

C氏と貴社の関係性についてですが、貴社の役員である、貴社の役員の親族である、貴社の資金調達の50％以上を融資してもらっている、貴社と技術援助契約等の重要な契約を締結している、などはありますでしょうか。
少し難しいかもしれないので簡単に記載いたしますと、「B社の議決権を行使した際に、C氏が貴社と同一の内容の議決権を行使するか否か」で判定することになります。
C氏と貴社の間に関係性がなく、B社の議決権を行使する際にC氏が貴社の意思とは別に議決権を行使するのであれば、子会社に該当しません。

同一の議決権を行使するようであれば、更なる検討が必要になります。

奥村様
お世話になっております。ご回答ありがとうございます。
C氏は弊社代表A氏とは関係が深いですが、弊社にとっては重要な関係ではありません。(役員でも親族でもなく、融資もありませんし契約締結もありません)

ご記載いただいた「B社の議決権を行使する際にC氏が貴社の意思とは別に議決権を行使するのであれば、子会社に該当しません。」に該当すると思われます。
ので、弊社では「関係会社株式」として処理しようと思います。

この度はご丁寧なご回答をいただきましてありがとうございました。
大変助かりました。