元帳で雑収入を見ると

はじめまして、税理士の岡村と申します。

帳簿を見ていないので勝手な推測になりますが・・・。
雑所得が税抜で10,000円、消費税が1,000円だったとした場合。

貸方に税込金額11,000円が記載され
借方に消費税相当額1,000円が記載され（会計ソフトで自動的に税抜に処理される）
そして元帳の月末残高に税抜金額として10,000円が記載されている。

と推測します。

会計ソフトの仕様で、各仕訳ごとに税込で貸方に記載して、消費税相当額を借方に記載する方法。

月末でまとめて借方に消費税相当額を記載する方法などがあります。

これらのことに該当しないようでしたら、他の理由があると思いますので、会計事務所の方に直接確認するくらいしか内容は分からないと思います。