奨学金の代理返還制度について。

「給料になると記載があったので預り金の差額を給料にしました」
＞給与として問題ありませんが「非課税」対象（通勤費等）の支給として処理することになります。

https://www.jasso.go.jp/shogakukin/kigyoshien/__icsFiles/afieldfile/2024/07/03/dairihenkan_scheme.pdf

法人税法上、代理返還は社員の奨学金の返済に充てるための給付にあたるので、給与として損金（経費）算入することができます。
通常、企業が従業員に返済のための金額を手当として支払う場合、給与として課税対象になり、所得税や住民税がかかります。しかし、奨学金返還支援（代理返還）制度では、企業が直接日本学生支援機構に返済金を送金するため、返還者にとって、企業等が直接機構に送金することで自身の通常の給与と返還額が区分され、かつ奨学金の返還であることが明確となるため、その返還額に係る所得税は非課税となります。

【参考】国税庁HP「質疑応答事例（所得税）」
○奨学金の返済に充てるための給付
(抜粋)奨学金の返済に充てるための給付は、その①奨学金が学資に充てられており、かつ、その②給付される金品がその奨学金の返済に充てられる限りにおいては、③通常の給与に代えて給付されるなど給与課税を潜脱する目的で給付されるものを除き、これを非課税の学資金と取り扱っても、④課税の適正性、公平性を損なうものではない

お忙しい中ご回答頂きありがとうございます。
質疑応答事例もありがとうございます。
とても勉強になりました。