償却済のソフトウェアの売却価格について

貸出の使用料と売却は全く別物と考えます。
現在価格での売却をお願いします。
取得価格と同等ではないと思います。あくまで時価です。

貸し出していた期間を考慮した方が良いのか、

考慮はしてもよいでしょう。両者の話し合いです。
双方の同意があればいくらでも構わないのか等、

いいえ、必ずしもそうは言えません。
よろしくお願いいたします。

ご質問ありがとうございます。
関連会社間の取引価格については、難しい問題があることを認識して下さい。
第三者との売買であれば、その取引価格は、経済合理性に基づき取引価格が決まるものと考えますが、関連会社との取引では、取引価格を恣意的に決められることから、法人税法基本通達７－３－１では「高価買入資産の取得価額」の規定や、逆に、法人税法施行令５４条１項６号では、低下で固定資産を買い入れた場合の取扱いなどが規定されています。
「貸し出していた期間を考慮～」や「双方の合意があれば～」ではなく取引時点の「時価」を算出する必要があります。
過去の裁判例では、「時価」とは、客観的な交換価値～とか、不特定多数の独立当事者間の取引価格～のように非常に難しい問題があります。