口座振替通知書の扱い

保険料の仕訳入力を行う際には、通知書ベースで保険料を入力し、引落ベースで未払金を整理した場合に、証拠書類になるか？という事だと思います。
契約書を保存した上で、通知書ベースで経理する方法で良いです。
税理士へ入力確認のために基礎資料のすべてを提出する方法をとるのであれば、入力のもとになった全部を引き継ぐというすスタイルで行い、特別に何かを抜き取る必要はないです（一般論）。
貴殿がいう「領収証として提出できますか」のくだりは、そういう意味ではないかと推測回答しています。

ご回答ありがとうございます。
初心者で経理に詳しくなく、恐縮なのですが…現在、領収書を台紙に貼り付ける作業をしております。

雑多な書類の中から領収書を選別しているため、当該通知書も台紙に貼るべきものなのか迷い、質問いたしました。

なお当該通知書が入力の元になっているのかは不明です。ですので、当該通知書は抜き取らず貼っておいた方が無難と受け取ってよいでしょうか。重ねての質問で申し訳ございません。

事業用賃貸アパートの火災保険口座振替通知書(葉書で送付されてくるもの)は領収書として提出できますか？

領収証ではないので、使えない。
でも、口座から引き落としたという証拠には使える。通帳のコピーとともに、揃えれば何も問題はない。

大変明確なご回答をありがとうございます。助かります。

「領収書にはならないが証拠としては使える」とのこと。

台紙には貼らず、揃えて提出するとの理解でよいでしょうか？

どちらでもＯＫなので、お互いにやりやす方法で取り決めするのが望ましいです。
年１関与で、決算時に一気に入力を進める場合は、取引先ごとに１２か月分まとめた方が入力しやすいです。
一方、毎月入力している場合は、月ごとに整理する方法になるでしょう。
極論、基礎となった書類が保存できていれば、整理に規則性をもっていれば探すときに見つけれるので、どちらでも良いと言えます。

再度のご回答ありがとうございます。また今後の進め方についてもご助言くださりありがとうございました。大変助かりました。感謝申し上げます。