報酬の減額について

【結論】
結論から申し上げますと、ご提示いただいたうちの「②」の方法で請求するのが正しい処理となります。

【理由】
理由は以下の通りです。
・今回の5,000円の減額は、原稿料自体の「値引き」ではなく、発生した弁償金（損害賠償金）と原稿料との「相殺（差し引き）」にあたるため
・税法上、相殺という形で決済する場合も、本来の報酬総額（10万円）が支払われたものとみなして源泉徴収額を計算するルールがあるため（所得税基本通達）

もし①のように差し引き後の9万5千円をベースに計算してしまうと、源泉徴収不足となり、支払う先方が税務署から指摘を受けるリスクがあります。

【具体策】
具体的には、請求書の内訳を以下のように記載することをお勧めします。原稿料を値引きしたと誤解されないよう、最終的な金額は「ご請求金額」ではなく「差引振込額」とするのがポイントです。

原稿料：100,000円
源泉所得税及び復興特別所得税：マイナス10,210円
損害賠償金との相殺：マイナス5,000円（消費税対象外）
差引振込額：84,790円

備考欄などに「損害賠償金5,000円は原稿料の値引きではなく、相殺によるものです」と一言添えておくと、先方の経理担当者もスムーズに処理できます。

ありがとうございます。教えていただいたように処理いたします。