複式簿記の場合発生主義でなければならないのでしょうか

日々の帳簿の記帳は現金主義でも問題ありません。
決算において、修正仕訳をして、発生主義に修正して下さい。

65万円の控除の要件は、複式簿記による記帳をしその記帳に基づいて作成した貸借対照表と損益計算書を確定申告書に添付して期限内に申告することになります。
発生主義というのは65万円控除の要件にはありません。
しかし、発生主義で所得金額を計算しませんと、申告漏れになる可能性がありますので、最終的には発生主義で所得計算を行う必要があります。
簡便的な方法は、期中は現金主義で処理し、期末において売掛金や未収金、買掛金や未払金等の勘定科目を使って発生主義にして締める方法かと思います。
その方法であれば65万円控除も適用できて、所得計算も正しく行うことができます。

発生主義でないと、青色65万円控除は、要件に該当せず、難しいと思います。
普段は、現金主義での帳簿作成で問題ありません。
12月末に、売掛金・買掛金・未払金の仕訳をすると、結果的には、発生主義の帳簿になります。