子会社からのマネージメントフィー

Ｂ社から取ってＡ社から取らないということ自体が税務上問題になるとは考えられませんが、Ｂ社から受け取るマネジメントフィーが、例えば管理部門の一部を本社で代行している等、実体として対価性がある収入であって売上✕3%という金額の根拠が合理的であるかどうかが問題視されると思います。
対価性がない等であればＢ社から本社への寄付金と看做される可能性があります。但し、本社とＢ社に完全支配関係がありグループ法人税制（平成22年度創設）が適用されるのであれば、寄付金であったとしてもＢ社は寄附金が損金不算入となりますが本社は益金不算入となりますので、結果として寄附金課税は生じません。
規模が大きい事例ですが、平成12年2月3日東京地裁でオランダのフィリップスが日本法人から経営指導料を取っていましたが、国税庁側は対価性がない子会社からフィリップスへの寄付として争った判例があります。
経営指導料の対価性や算定根拠を明確に主張した結果、フィリップスが勝訴しましたが、マネジメントフィーを取る合理的な理由を明確にすることが必要と思います。