休眠した会社の資本金の取り扱いについて

1.休眠を届出たあと12年後のみなし解散までの間、資本金の残った分は手をつけずに置いておかなければ実際に問題になりますか？

→　手をつければ、それは役員報酬です。何も事業をやっていなければ、過大役員報酬で損金不算入の可能性があります。
個人としては、給与の支払いがあるわけですから、税金が発生するでしょう。

2.休眠を届出た後に賃貸倉庫の家賃、電話等が1月末まで引き落とされるのですが問題ないですか？

→　期間のズレ、例えば11月分がその後に引落などはともかく、12月分でしたら、それは休眠とはいいません。休眠で特に問題となるのは法人市県民税の均等割の取扱いです。
休眠の制度は法的にはありませんので、取扱いが県や市町村によって異なっています。該当する県や市町村にお問い合わせください。
　みなし解散も、手続きして解散の場合も、法人の確定申告の手続きは同じです。今やるか、12年後かの違いです。
12年後なら、手続きしないことがとがめられないだろうとの意味なら、本来やるべき処理をしないことを前提とした質問ですから、答えられません。

3.休眠から放置してみなし解散するつもりであれば、実質確定申告は必要ありませんか？（以後、法人復活の予定なしのため青色申告必要なし）

→　休眠していても、その期間、法人税の申告は必要です。法人市県民税については、事実上の取扱いが県、市町村によって異なるようです。
　法律上、みなし解散までの間の申告と、みなし解散の清算所得の申告は必要です。

4.過去の事例として休眠届け後に税務署などから税務調査や何か言われる事とかありますか？（会社休眠後は事業活動は行わず、資本金などの残りも生活資金としたい。）

→　今まで申告していたのに、申告がなくなれば問い合わせはあるはずです。
資本金を生活に使えば、給与（前述したように役員報酬）ですから、個人に課税される理屈です。

※　債務超過で解散すると、破産処理になるため、解散処理が困難ならば、そのまま休眠も有りだと思うのですが、一部でも資本の払い戻しが受けられるのでしたら、ちゃんとに解散手続きをすべきです。