青色申告 元入金

元入金を法人の資本金のように思われているようですが違います。
元入金は、資産－（負債＋青色申告特別控除前の所得金額）ですから、年末時にこの差額を元入金に計上します。
ご記載の情報だけでは何が間違えているか、具体的に内容を拝見しないと断定できません。

わかりづらく 申し訳ありません。

期末の棚卸品を 決算仕訳で 当期の仕入より
引きました。
申告決算書の損益計算書、 売上原価の 期末商品棚卸高で 再度 引くことになり 期末商品棚卸高の 金額分が合わない状況です。

どういう対応を すれば良かったのでしょうか？

仕入から直接引いているのであれば、それが間違いです。
仕訳は、商品／期末商品棚卸高です。