株の譲渡について

両者間で合意して株価を決めて売買しても問題ないでしょうか。

→取引は双方の合意価額でできますが、貴社が同族会社か否か、売主・買主が支配株主か非支配株主か、売主と買主が同族関係者か否かによって、取引価額と税法上の時価（財産評価基本通達に基づく相続税評価額）との差額に対して、売主・買主にみなし贈与税が生じます。

譲渡する際の進め方や注意点、手続き方法とか教えて頂ければと思います。

→上記の通り、非公開株式の譲渡は売主・買主の組み合わせによって税法上の時価が異なりますので、個別具体的に検討する必要があります。
また、税法上の問題ではありませんが定款に沿った手続きが必要です。例えば、譲渡禁止株式であれば定款に定める決議を要する等で、これらは貴社の定款を確認しないと分かりません。
以上の通り、ネット上で解決することは困難と思いますので、顧問税理士などに直接ご相談いただいた方が良いです。
判断を誤ると思わぬ税金（贈与税）が売主・買主に生じます。

ご回答ありがとうございます！
説明不足ですみません。会社は同族会社ではありません。代表取締役社長と退任予定の取締役は50%ずつ会社株を所有しており、2人で合意で株価を決めて株を譲ることできますでしょうか。その際手続きや進め方を教えて頂ければ幸いです。

追加のご質問についても、先に回答しております。
また、ご記載の株主構成は同族会社です。
繰り返しますが、価額は自由に決めることができます。
売買価額と税法上の時価を比較して差額が生じるかどうかです。
非公開会社の税法上の時価はネットの相談コーナーで試算できるものではありません。詳細なデータが必要です。
ひとつ言えることは2人とも同族会社の同族株主に該当しますので、税法上の時価は原則的評価です。
先ずは税法上の時価を把握してください。
手続きや進め方も先に回答した通り、貴社の定款等の資料に基づかないと判断できません。
当初の回答を今一度ご確認いただき、貴社の実態に基づいて顧問税理士等の専門家に直接ご相談ください。
ネット上で回答できるのは、当初の回答及び上記が限界です。

前田様
ご丁寧に説明して頂きとても助かりました。顧問の税理士に相談させていただきます。