フリマアプリ等のインボイスについて疑問点があります。

基本的に匿名でのお取り引きになるので古物商特例は適用されないのでしょうか？

⇒適用要件の一つである「取引の相手方の氏名又は名称及び住所又は所在地」を帳簿に記載する必要がありますが、相手方が匿名取引のため、帳簿への記載が行えず要件を満たしていないとの認識です。

3年間は経過設置があるので、そこまで大きな影響はないのですが将来的に影響あると思うので税理士の見解を教えて下さい。

⇒まず、経過措置の適用要件は必要事項が記載された帳簿及び請求書等の保存となります。
適用要件のうち、帳簿には「課税仕入れの相手方の氏名又は名称」の記載、請求書等には「書類の作成者の氏名又は名称」の記載が要請されており、満たしていない場合は経過措置が適用されないこととなります。相手方が匿名取引のため、経過措置の適用要件を満たすことは難しいと思慮されます。
また、経過措置については3年間ではなく、現状、以下の6年間が適用期間となっております。
・令和５年10月１日から令和８年９月30日までは仕入税額相当額の80％
・ 令和８年10月１日から令和11年９月30日までは仕入税額相当額の50％

オークションサイトからの仕入れとなれば、
オークションサイト運営会社から仕入れたという
形なら古物特例は適用されるのではないでしょうか？