外注か給与かについて

外注費ではなく雇用契約に基づく給与であれば、消費税の修正申告と源泉徴収が必要になります。

ご回答ありがとうございます。当社と外注先が業務請負契約関係にあれば、外注先が給与所得として申告していても問題ありませんか？

業務委託契約であっても、実態が雇用契約であれば給与所得としての申告になります。

回答します。
外注先が給与として申告していますと問題になります。雇用契約があるかないかは、別に書類がなくても実態で判断できます。
業務委託にするなら反対に契約書類を交わすべきです。給与として判断されると、消費税や源泉所得税の問題が浮上します。
多分、外注先が給与で申告したのは、経費を付けていないことから、給与なら給与所得控除を差し引くことができるためだと考えます。
このため税務当局から外注先に改めて話を聞いてもらい、何故、給与で申告したのか、雇用されていると思っているのか確認してもらうしかないと思います。