役員貸付を効率よく相殺する方法

　貴殿と法人で上記住宅の一部について、賃貸借契約を締結し、個人が貴殿に当該住宅の一部分を貸し付け、法人が貴殿へ家賃を支払う、ということは何ら問題ないと思われます。

　ただ、同族会社の取引ですので、家賃は市場価格と乖離しない金額で設定する必要があります。

　おっしゃる通り、個人では不動産所得の申告が必要になります。

　税務上は、法人に貸し付けていいる部分については、事業用となり、事業用が1/2を超えると住宅ローン控除は適用できないことになります。超えない場合も、貸し付けている部分については、住宅ローン控除は適用できません。

　銀行がどう判断するかは、わかりません。

ありがとうございます。
他にも色々と考えたのですが（家屋の付帯設備の使用料名目、機械装置を個人で所有してその使用料名目、役員貸付ではなく借家権を購入した事にする、etc...）、やはり銀行と相談が先でしょうかね。
地代名目で事務所スペースの家賃を法人から個人に移転できれば、それが一番という気がします。

　個人から法人に支払うのは、建物の一部を賃借する対価である、「家賃」です。土地を貸すわけではないので、「地代」ではありません。

　自宅に法人の登記をしている場合は、上記のように、法人から個人に家賃を支払うのが一般的であるので、それはいいと思いますが、ご記載のその他の方法は税務実務上、ほとんど行われていないのでやめたほうがよいでしょう。

　住宅ローン控除の件と、不動産所得の確定申告など、税務署に注意を払えば、とくに銀行に相談しなくてもよいように思います。話がややこしくなる可能性もあります。