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法人を解散する場合には、法人財産を処分する必要があります。
御社の場合には、公庫の借入金と法人名義の土地建物がありますので、これを処分しなければなりません。
まず、公庫の借入金については、法人にキャッシュがあるとのことなので、1000万円の借入金を一括返済しましょう。
次に土地建物ですが、時価取引が原則になりますので、実務的には相続税評価額で土地建物を役員借入金と相殺することになると思われます。ただし、懸念材料としては土地建物の帳簿価額が低い場合、譲渡益が生じることになる点です。別表7の繰越欠損金が多額に残っている場合であれば良いのですが、繰越欠損金を超える金額の譲渡益が生じてしまう場合、この処分により納付税額が生じるからです。
ただし、御社の場合には役員借入金が多額であり、土地建物と役員借入金との相殺を行っても役員借入金が残る場合には、債務超過の状態になっている可能性があります。その場合には、期限切れ欠損金の活用が考えられます。ご参考までに国税庁のQ&Aを貼っておきます。
https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/hojin/101006/pdf/08.pdf
最終的には、残ったキャッシュと役員借入金を相殺し、役員借入金だけがB/S上に残る形になります。ここまで進めば、残った役員借入金を返済するすべはなくなります。
そこから、法人の清算の手続きに入りますが、正式に清算をせず、税務署に解散届だけ提出するケースも目立ちます。法人名義を悪用されかねませんのでおススメはしませんが、10年間法人登記を放置して、法務局による職権抹消を待つ、ということでしょうかね。

返答ありがとうございます。わかりやすかったです。