車両購入について

文面から分かる範囲内でお答えいたします。

>登録は登記に記載している本店の市区町村での登録にしないとダメでしょうか？
これは、法律の問題になるのでお答えするのは難しいです。所有者またはバイクを置くところの登録となるようですので、そのあたりについて登録しようとする市区町村役場にお問い合わせになってはいかがでしょうか。

>任意保険への加入は必要ですが、その費用処理はどのようになりますか？
こちらは開業費とすることは可能です。

原付の登録については、個人の場合は、住所地の登録で、法人の場合は、法人の所在地での登録と思います。登録地はさほど重要ではなく、業務に使用しているかが問題となります。
任意保険料は、開業費または保険料として、必要経費になります。