資本金(出資金)について

おそらく返金時には法人はあなたに対する貸付金100万円を計上し、毎年、役員報酬と相殺した残高を計上しているかと考えます。したがって、その残高は会社から借りたものですので返金しなければなりません。

まず「見せ金」は違法行為であり、「公正証書原本不実記載等罪」に問われ、5年以下の懲役または50万円以下の罰金が科される可能性があります。
また、会社法52条の2では、仮装払込に関与した発起人は、連帯して払込を仮装した金額を支払う義務が定められています。したがって、質問者様も会社に対し残りの資本金の支払い義務があります。

見せ金の問題は置いておいたとしても、会社から質問者様に返金したときに貸付や仮払等の処理がなされているものと思われます。いずれにしても会社に対しては債務があるものと思います。

会社があくまでも実質的に代表の個人会社であるならば、代表との話し合いで、代表に株式を買い取ってもらうというのが通常の解決策です。代表にすぐに払える資金がないのであれば、分割払いとするのも一つの方法でしょう。
代表との関係がこじれていて円満に買取りの話し合いができないようであれば、あとは弁護士さんに相談された方がいいかと思います。